Embora o conjunto da EU seja o principal parceiro comercial de Malta, as relações bilaterais com Portugal têm sido, até agora, pouco significativas e com um peso reduzido nas balanças comerciais dos dois países.

No período entre Janeiro e Maio de 2007, Malta foi o 78º cliente e o 89º fornecedor de Portugal, com quotas de 0,02% no total quer das importações quer das exportações portuguesas.

Em 2006, Portugal tinha sido o 28º principal fornecedor de Malta, com um peso de 0,28% das suas importações.

As exportações portuguesas para Malta são bastante concentradas em alguns produtos. Cerca de metade do valor exportado é constituído por dois grupos de produtos: pastas celulósicas de papel e madeira e cortiças.

Por seu lado, as importações provenientes de Malta são ainda mais concentradas: 69% do valor global são também de dois grupos: combustíveis minerais e produtos químicos.

O comércio bilateral mostra um padrão de negócios instável, o que demonstra a necessidade de maiores esforços dos empresários e entidades dos dois países para intensificar o conhecimento das potencialidades respectivas.

Malta tem uma posição marginal nos fluxos de investimento em Portugal. Apesar de em 2001 se ter verificado um investimento líquido de 27.235mil euros, os anos subsequentes foram marcados por um desinvestimento algo acentuado, nomeadamente em 2006, quando se registou um desinvestimento líquido de menos 19.000 mil euros.

Quanto ao IDPE (investimento Directo Português no Estrangeiro) foi praticamente inexistente em Malta, até 2007. Com efeito, no período 2001-2006, só em 2004 é que se registou um investimento de 583 mil euros. Nesse ano, Malta posicionou-se em 56º lugar como país de destino do IDPE líquido.

Em 2007, o BANIF iniciou as suas operações em Malta, alterando esta situação. Prevê-se um investimento total inicial de 25 milhões de euros e a criação de 300 postos de trabalho.

Também como mercado emissor de turismo, a importância de Malta para Portugal é meramente marginal. Em 2006, Portugal registou 4,7 mil dormidas realizadas pelo mercado emissor de Malta nos estabelecimentos hoteleiros, num total de 44.407,5 mil. Os meses de Abril e Agosto apresentam uma procura comparativamente superior a outros períodos do ano e Lisboa é a região que concentra maior fatia de procura dos turistas malteses, seguido pela região Centro.