A história das relações entre Portugal e Malta está indissoluvelmente ligada à Ordem de S. João do Hospital, também chamada Ordem de Malta, à qual a ilha foi cedida pelo Imperador Carlos V com o objectivo de ser assegurada a defesa do Mediterrâneo Ocidental das ofensivas do Império Otomano e dos piratas muçulmanos, muitas vezes aliados ou ao serviço dos turcos, que punham em perigo o comércio marítimo naquela área.

A Ordem teve, durante os séculos XVII e XVIII, três Grão-Mestres portugueses.    

Os Grão-Mestres  

O período durante o qual D. Luiz Mendes de Vasconcelos esteve à frente dos destinos da Ordem (1622-1623) foi demasiado curto e deixou poucas marcas.  

Foi apenas com a eleição de D. António Manoel de Vilhena como Grão-Mestre (1722-17369 que a influência de portugueses se viria a fazer notar.

Vilhena ergueu nas ilhas maltesas alguns dos mais sumptuosos e elegantes edifícios do que é o legado da Ordem a Malta. O encantador Palácio em Mdina que leva o seu nome, a jóia do Teatro Manoel, o teatro da Corte, em Valletta, a Casa de Campo em Santa Venera, a Banca Giuratale na ilha de Gozo, testemunham o seu zelo de construtor. A sua benevolência garantiu a Malta um Hospital para doentes incuráveis e uma casa para mulheres pobres. Delineou e iniciou a construção do subúrbio residencial de Foriana que ainda ostenta o título de Borgho Vilhena e uma estátua do Grão-Mestre. Fortificou a Ilha de Marsamuscetto, hoje conhecida como Manoel Island. Em 1724 codificou pela primeira vez as leis de Malta. Foi o primeiro Grão-Mestre a receber das moas do Papa a honraria régia do Estoque e Pilar, um barrete de veludo e uma espada ornamental.

A fama de Vilhena despertou uma grande atenção em Portugal, originando a publicação dos dois primeiros mapas de Malta portugueses. Um foi desenhado em 1736 por João de Abreu Gorjão e publicado na “Memória da Ordem” de Frei Lucas de Stª. Catarina. O mais pequeno foi publicado por Manoel Pimental mais ou menos no mesmo período.  

Cinco anos apenas após a morte de Vilhena, outro português foram eleitos Grão-Mestre, D. Manuel Pinto da Fonseca, que reinou até 1773, quando morreu já nonagenário. O magnificente Pinto, um déspota iluminado e absoluto, encorajou as ligações comerciais que há muito existiam entre Malta e Portugal. A sua grande ambição levou-o a adoptar o título de “Alteza Sereníssima” e a fazer-se retratar com a “Coroa Fechada” dos Príncipes Soberanos. Reformou, embelezando-o, o Palácio da Castellania (o Tribunal), construiu a monumental Porta de Armas do Monte Redenzione em Mellieha e o Albergue de Castela, Leão e Portugal, actual sede do Governo maltês, conserva intacta a sua rica fachada que data da sua época e ostenta o seu busto, sendo encimada pelas Armas de Portugal, ao lado das de Castela. Criou a Universidade de Malta e, durante o seu reinado, foi publicado em Lisboa um número considerável de livros sobre temas navais malteses e sobre “a formosa Ilha de Malta”.

A expulsão dos franceses  

Os finais do século XVII, testemunhou um episódio de grande proximidade entre malteses e portugueses. Em 19 de Setembro de 1798, a Armada Portuguesa veio em auxílio de Malta. Era comandada pelo Almirante Marquês de Niza, que estabeleceu um bloqueio dos invasores franceses e desembarcou um contigente em auxílio dos revoltosos malteses. Um oficial português, Xavier Mateus, foi condecorado por bravura no campo de batalha e alguns marinheiros portugueses morreram em combate na zona do porto, até 13 de Dezembro, quando, finalmente, dois regimentos britânicos alcançaram a ilha. O retrato do Marquês de Niza, assim como um mapa das operações da frota, está preservado no Museu da Marinha em Lisboa.    

As relações luso-maltesas na actualidade  

Malta tornou-se uma colónia britânica. Em 1964, Malta obteve a sua Independência. As relações diplomáticas foram estabelecidas em 1968, sendo asseguradas pelas Embaixadas de Portugal em Roma e de Malta em Paris. Os dois países assinaram acordos no domínio dos transportes aéreos, da Cooperação Científica e Cultural e para evitar a dupla tributação. Está em estado adiantado de negociação sobre Cooperação na Luta contra o Tráfico de Droga, Crime Organizado e Terrorismo. Após a adesão de Malta à EU (2004), os dois países decidiram elevar o nível das suas representações diplomáticas e, em 2005, foi nomeado o primeiro Embaixador português residente; no ano seguinte, entrou em funções o primeiro Embaixador de Malta residente em Lisboa.